Pocos instrumentos tienen un origen tan claro como el cajón "flamenco": lo trajo Paco de Lucía del Perú en los 70 y rápidamente adquirió carta de nacionalidad en el estilo a manos del percusionista Rubén Damtas. Seguramente nuestro eximio artista quedó subyugado no sólo del sonido que oyó extraerle de manos de los criollos peruanos, sino de sus posibilidades como sustituto y refuerzo de las únicas percusiones que hasta entonces admitía el género: las palmas, el taconeo o el repique ocasional en el lomo u otras partes de la guitarra. Cierto es que algún palo del cante flamenco, concretamente el martinete, se acompañaba antiguamente a golpe de martillo y yunque en las fraguas andaluzas, y que es bastante habitual que el cantante huérfano de otro acompañamiento mejor utilice los dedos y nudillos para sentar el patrón rítmico golpeando la tabla de una mesa. Pero hasta entonces, los intentos de dotar al flamenco de un instrumental percusivo habían sido meros ensayos sin solución de continuidad.

No sucedió así con el cajón que, a poco de llegar y ser oído en los grupos de Paco de Lucía, llegó a confundir su origen, hasta el extremo que hoy día no sólo en España sino también en otras latitudes, su sonido va sinérgicamente unido al del toque más hispano. Ello ha llevado a que los máximos exponentes de la música afro-peruana, como la cantante Susana Baca de la Colina, no se cansen de reiterar en sus conciertos la nacionalidad originaria del instrumento. Sin embargo, otros músicos de tradición afro-americana reivindican también su autoría, especialmente los cubanos que interpretan la rumba yambú en cajón en lugar de hacerlo en la más conocida conga.

Lo que está claro de este debate es que el origen ancestral del instrumento hay que buscarlo en los esclavos africanos y en las privaciones que en la peculiar geografía costera del Perú vivieron, donde no abundan precisamente las maderas y parches con que reconstruir los tambores que sonaban en su inconsciente colectivo. En el Perú colonial del siglo XVII se llegó incluso a promulgar un edicto que prohibía el uso de tambores y la ejecución del panalivio, una forma de canto y danza popular de la época, que denunciaba el maltrato a los negros. Pero, tal como sucediera en Trinidad y Tobago con los steel drums fabricados con barriles de petróleo desechados, esta criminalización de la expresión sonora despertó el ingenio y la creatividad de los esclavos que utilizaron como instrumentos casi cualquier objeto susceptible de ser percutido, desde los cajones de embalaje de bacalao (algo que según las crónicas también hacían los marinos españoles para acompañar a la guitarra en sus travesías oceánicas) que se acumulaban en el puerto, a cajones de muebles y sillas, la "cajita" que originalmente se usaba en las iglesias para pedir limosna y hasta el cajón donde los heladeros guardaban su deliciosa mercancía.

Según el folklorista argentino Carlos Castro, "los africanos en el Perú durante los siglos XVIII y XIX, especialmente los de la costa del Pacífico, usaban también para sus fiestas de tambor, los cajones de fruta y otros alimentos que encontraban en desuso en los puertos, principalmente el puerto de El Callao. Y que los cajones originales fueron eso, simples cajones de embalaje a los cuales se les desclavaba una tabla para producir más vibración de la madera al ser percutida". Los escasos cronistas de la era colonial que describen la música peruana popular hablan de tambores, vihuelas y guitarras, incluso de "calabazas", pero aún no mencionaban al cajón. Sin embargo, describen otras variedades de ingeniosos instrumentos de acompañamiento, como los tamboretes (un pedazo cuadrado de madera cepillada, sobre cuatro soportes, como una mesa pequeña) y los tambores hechos de troncos de árboles huecos y cortados de diferentes alturas, que se pulían y cubrían en uno y otro extremo, con piel de animales. Nicomedes Santa Cruz, glosador del sonido del instrumento, alega otro posible origen derivado del par de cántaros cónicos de cerámica, o botijas, que se usaban antiguamente para acompañar la zamacueca, género antecesor de la marinera, "buque insignia" del folklore nacional peruano. La boca de los cántaros solía recubrirse de parches de piel de burro. La botija más grave se llamada llamador y la otra, destinada a la improvisación de ritmos más atrevidos, repicador.

Hoy día, a pesar de su común origen, el cajón peruano y el flamenco se diferencian no sólo por la forma de tocarse sino también en su construcción, ya que en España suelen añadírsele algunas cuerdas de guitarra tensadas en el interior para reforzar la vibración de la tapa floja que se percute con las manos. Y, como dicen en Perú, en España tocamos el cajón con la 'galleta' (la parte superior de la tapa del instrumento). Sin embargo, en lo que sí coinciden tanto el modelo de cajón peruano como su variante "flamenca" es un su diseño básico: un paralelepípedo de madera de cinco caras de madera sujeta por las aristas y una sexta cara rectangular (la tapa) sujeta de manera más laxa, con tornillos flojos que le permitan vibrar libremente. Otra característica común es que el cajón suele servir, además, de asiento al propio intérprete.

La cara opuesta a la tapa, la que queda a la espalda del ejecutante, suele tener un agujero o dos de salida. El músico emplea las palmas de sus manos para percutir bien con la mano abierta o cerrada en diferentes partes de la tapa, produciendo de ese modo sonidos más graves o agudos, con mayor o menor grado de zumbido. Los intérpretes peruanos suelen diferenciar tres tipos de golpes, mientras que los flamencos generalmente distinguen dos: uno agudo y brillante y el otro grave y con cuerpo. El primero se obtiene repicando en la parte superior de la tapa (que tiene menos tornillos y más flojos) y el segundo cerca del centro de la tapa.

Los percusionistas que usan el instrumento en piezas de música de flamenco no sólo añaden cuerdas tensadas en el interior del cajón (llamadas bordoneras) sino incluso campanillas o cables. Las cuerdas se disponen de manera que eviten atravesar el centro del cajón para no interferir con el sonido grave. Incluso hay quienes pegan pequeños trozos de cinta adhesiva en sitios clave para enmudecer ciertos sonidos que surgen por armonía. Aunque existen ejemplares baratos realizados en madera contrachapada, también los hay de gran calidad fabricados con maderas más nobles, desde el pino al cedro o la caoba.

Los ejemplares peruanos suelen tener una base de 35 x 20 cm de ancho, y una altura de 46 cm. El espesor de la madera es de 12 a 15 mm., aunque la tapa es más delgada. En la tradición afro-peruana el sonido agudo, percutido con la palma de la mano abierta en el tercio más próximo a los dedos, y a manera de látigo, se produce separando los dedos y buscando siempre el rebote del sonido. El sonido grave, por el contrario, se ejecuta con la mano cerrada en forma de rombo. Los cajoneros tradicionales de la música negra peruana llaman al golpe dado con la concavidad de la mano "pollito asado". También existe un sonido medio entre los dos ejemplos anteriores. En esta música también suele darse la utilización de dos cajones que entran en diálogo contrapuntístico, dando continuidad a los tambores macho y hembra, alternando la función de base y repique.

Desde que Paco de Lucía recibió su primer cajón de manos del maestro peruano Caitro Soto, cajonero de la gran cantante Chabuca Granda (y que además compró en el mismo viaje un segundo cajón), este instrumento ha sido usado ampliamente en el flamenco. También ha sido objeto de múltiples experimentos en los que se ejecuta tanto verticalmente como horizontalmente, se le agregan dos cuerdas de guitarra en el orificio, o se toca con baquetas o "cepillos". Existen además versiones del cajón construidas en forma de pirámide trunca o trapezoidal.

A pesar de su indudable estirpe afro-americana, la música popular peruana no empezó a incorporar el cajón a sus ritmos criollos sino a partir de los años 50. Es entonces cuando empieza a sonar en géneros como las marineras, festejos, tonderos, golpe-tierras y golpe-áureos, para finalmente adquirir carta de ciudadanía en el más vernáculo vals peruano en los 60, de manos de Gancho Arciniegas. Pero es en los 70, coincidiendo con el auge mundial de las músicas andinas y sudamericanas en general, que el cajón se difunde ampliamente entre grupos de folklore negro, gracias a la destacada participación de agrupaciones como el Conjunto Nacional de Folklore del Perú, dirigido por Victoria Santa Cruz, y la conocida agrupación Perú Negro, dirigido por Ronaldo Campos. Luego vendría las épocas de los "grandes": Arturo Zambo Cavero, Juan 'Cotito' Medrano, Eusebio "Pititi" Sirio, Julio "Chocolate" Algendones y de los tríos de guitarra, voz y cajón, que van adaptando el sonido del cajón a cada vez más géneros nacionales, como el aguanieves, el payandé o el lando o lundero. Esta evolución estilística culmina actualmente en manos de virtuosos como María del Carmen Dongo o del percusionista de jazz peruano Alex Acuña, quien lo grabó, entre otros, junto a Chick Corea y Paco de Lucía.

En cuanto al cajón cubano (también conocido como caja caribeña o caja trono), se fabrica en tres tamaños (como las congas y batás) y se utiliza para acompañar diferentes ritmos como la guajira o el guaguancó, aunque sin alcanzar el protagonismo del cajón peruano o flamenco.